به دستور اوراکل، نئو تلاش می کند تا کی میکر را از دست مرووینگیان نجات دهد. او متوجه می شود که برای نجات صهیون باید با معمار مقابله کند. در همین حال، صهیون برای جنگ با ماشین ها آماده می شود.

صهیون، شهر انسان‌ها در مقابل حملات بی امان ماشین‌ها مقاومت می کند، در حالی که نئو در میدانی دیگر، برای خاتمه دادن به این نبرد، با مامور اسمیت سرکش می جنگد.