دهه ی 1930 مأموران اطلاعاتی به باستان شناس و ماجراجوی امریکایی، «ایندیانا جونز» (فورد) می گویند که «هیتلر» در پی یافتن صندوق مقدس گم شده است تا از آن برای مقاصد سلطه جویانه اش استفاده کند. آنان از «جونز» می خواهند تا صندوق را پیدا کند و به امریکا بیاورد.

"اينديانا جونز" (هریسون فورد) پروفسور باستان شناسي است که براي برگرداندن اشياي تاريخي به موزه ها مي جنگد. فردی ثروتمند نام "والتر" (جولیان گلاور) به او مي گويد که پدرش "دکتر جونز" (سین کانري) متخصص قرون وسطی، در حین جست و جو براي يافتن جام مُقدس ناپديد شده است و "اينديانا جونز" سعي مي کند تا جاي او را پيدا کند و...

سه سال از آغاز جنگ کلونها گذشته است و شوالی های «جدای»، «ابی وان کنوبی» و «آناکین اسکای واکر» بسختی جنگیده اند. «آنا کین» (کریستین) که به طور پنهانی با «سناتور پادمه» (ناتالی پورتمن) ازدواج کرده، از ترس از دست دادن او و تحت فشار «صدراعظم پالپاتاین» (مک دیر مید) و دوستی کنوبی (ایوان مک گریگور) تصمیم می گیرد به نیروی تاریکی بپیوندد...

بعد از گریختن از سیاره بیگانگان، سفینه ی «الن ریپلی» هم در آن است، در یک معدن سقوط می کند. ریپلی می فهمد که یک موجود بیگانه که بطور مخفیانه وارد سفینه شده، علت سقوط بوده است. این موجود بیگانه شروع به کشتن ساکنان معدن می کند، اما ریپلی نمی داند که دشمن اصلی او چیزی بیشتر از این موجود بیگانه است.