صهیون، شهر انسان‌ها در مقابل حملات بی امان ماشین‌ها مقاومت می کند، در حالی که نئو در میدانی دیگر، برای خاتمه دادن به این نبرد، با مامور اسمیت سرکش می جنگد.

ادی یک کنترل کننده ی هوایی کامپیوتری است که هدایت «تلون جت» - نسل جدید هواپیماهای پنهان که می توانند از دید رادار دشمن مخفی بمانند - را به عهده دارد. موقع بازگشت از مأموریتی، هواپیمای «ادی» مورد اصابت صاعقه قرار می گیرد و «ادی» شروع می کند به خودسرانه عمل کردن. حالا، پیش از این که «ادی» باعث آغاز جنگ جهانی سوم شود، باید جلوی او را گرفت ...