در شهر کاراکورا یک نوع خاص از ارواح بنام شاهد مثل یک بیماری کل شهر را در بر گرفته اند. این در حالی است که از طریق آسمان، دنیای ارواح به دنیای واقعی هم سرایت کرده است. در این بین زن مرموزی به نام سنا به همراه مردی به نام گانرو رهبری یک تیم مخوف را بر عهده گرفته اند تا بلکه بتوانند جلوی فاجعه را بگیرند...

خدمه سفینه فضایی "یاماتو" به سفری به طرف سیاره ای دور دست می روند تا دستگاهی که می تواند زمین ویران شده را نجات دهد را به دست آورند...