به دستور اوراکل، نئو تلاش می کند تا کی میکر را از دست مرووینگیان نجات دهد. او متوجه می شود که برای نجات صهیون باید با معمار مقابله کند. در همین حال، صهیون برای جنگ با ماشین ها آماده می شود.

داستان رابطه ی ناگسستنی مالکوم ایکس و محمدعلی که با ملاقات اتفاقی، دچار بی اعتمادی و تغیر حالت می شود.

صهیون، شهر انسان‌ها در مقابل حملات بی امان ماشین‌ها مقاومت می کند، در حالی که نئو در میدانی دیگر، برای خاتمه دادن به این نبرد، با مامور اسمیت سرکش می جنگد.

داستان فیلم که بر اساس کتابی از “ربکا میلر” ساخته شده که درباره یک زن مسن و وظیفه شناس است که شوهرش به زن جوانی علاقمند شده و بنابراین او را رها می کند و این باعث می شود این زن وارد یک بحران عصبی شدید شود …