داستان سالهای کودکی قهرمانان ماداگاسکار الکس شیر، مارتی گورخر، ملمان زرافه و گلوریا اسب. آنها در یک زیستگاه امداد در باغ وحش پارک مرکزی بزرگ می شوند.

ملمن زرافه با هنک، غازی که از خانواده اش جدا شده است، ملاقات می کند و به همراه دوستانش به تعقیب غازهای وحشی در اطراف شهر می پردازند تا هنک را با گله شادش متحد کنند.