به دستور اوراکل، نئو تلاش می کند تا کی میکر را از دست مرووینگیان نجات دهد. او متوجه می شود که برای نجات صهیون باید با معمار مقابله کند. در همین حال، صهیون برای جنگ با ماشین ها آماده می شود.

در شبی که یک سیاره کاملا مشابه زمین در کهکشان کشف می شود، یک دانشجوی جاه طلب و یک آهنگساز در تصادفی دردناک، سر راه هم قرار می گیرند.

صهیون، شهر انسان‌ها در مقابل حملات بی امان ماشین‌ها مقاومت می کند، در حالی که نئو در میدانی دیگر، برای خاتمه دادن به این نبرد، با مامور اسمیت سرکش می جنگد.