اتفاقات فیلم در سال 2029 رخ می‌دهد زمانی که قدرت شفا بخشی ولورین بشدت کاهش یافته و پروفسور چارلز اگزاویر بسیار ضعیف شده است. با این حال، این دو به دنبال نجات یک دختر جهش یافته هستند. دولت در یک عملیات مخفیانه در نظر دارد که جهش یافته‌های زیر سن قانونی را دستگیر کرده و سپس آن‌ها را به سلاح‌هایی مرگبار تبدیل کند.

داستان فردی به نام "جیمز هارپر" که پس از اخراج از تفنگداران دریایی، به یک سازمان شبه نظامی می پیوندد تا از خانواده خود به تنها شیوه ای که می داند، حمایت کند.

داستان این اثر پیرامون ریشه‌ها و چگونگی شکل گیری شخصیت اسنیک آیز جریان دارد که پس از فاش شدن رازهای تاریکی که در گذشته‌اش وجود دارند، میزان وفاداری او با یک امتحان بزرگ مواجه می‌شود و ممکن است که این موضوع، جدایی وی از اطرافیانش را به همراه داشته باشد اما...