اتفاقات فیلم در سال 2029 رخ می‌دهد زمانی که قدرت شفا بخشی ولورین بشدت کاهش یافته و پروفسور چارلز اگزاویر بسیار ضعیف شده است. با این حال، این دو به دنبال نجات یک دختر جهش یافته هستند. دولت در یک عملیات مخفیانه در نظر دارد که جهش یافته‌های زیر سن قانونی را دستگیر کرده و سپس آن‌ها را به سلاح‌هایی مرگبار تبدیل کند.

در دهه سی میلادی سه دوست که شاهد قتلی هستند، خود مظنون قتل به شمار می آیند؛ آنها یکی از تکان دهنده ترین توطئه‌های تاریخ آمریکا را کشف می‌کنند.