بحران میانسالی دریاسالار کرک با بازگشت یک دشمن قدیمی، خان شرور، بدتر می شود که به دنبال انتقام است و می خواهد از دستگاه پیدایش به عنوان سلاح نهایی استفاده کند.

دریاسالار کرک خان نابغه ژنتیکی را شکست داده است، اما اسپاک مرده است و مک کوی از یک ناهنجاری ذهنی عجیب رنج می برد. کرک اینترپرایز را به کتاب پیدایش می برد تا بدن را بازیابی کند.