اواخر دهه ی ۱۹۸۰٫ «بابی» (فینیکس) و «جوزف» (والبرگ) دو برادر هستند که راهشان از هم جدا شده است. «جو» در ادامه ی راه پدرش، «برت» (دووال) وارد پلیس نیویورک شده است ولی «بابی» اداره ی یک کلوب شبانه در بروکلین را به عهده دارد. مالک کلوب او یک قاچاقچی مواد مخدر (موشونوف) است که با مافیای روسی ارتباطاتی دارد. «جو» و گروه ضربت شبی به کلوب حمله می کنند و خیلی زود «جو» کشته می شود…

لاک پشت ها نینجا بعد از موفقیت های خود در شکست دشمنانشان این بار با یک تهدید دیگر مواجه می شوند که باعث تخریب شهر آنان خواهد گردید و آن ها مثل همیشه آماده دفاع از شهر شان هستند و ..