داستان قسمت دوم باز هم حول محور چهار شخصیت اصلی فیلم ابتدایی است. این مرتبه نیز این چهار شخصیت باید بتوانند در دنیای تغییریافته‌ی زامبی‌ها زنده بمانند. اما جالب اینجاست که پس از گذشت چند سال ، جمعیت زامبی‌ها کمتر شده است و همین موضوع باعث بی‌حوصلگی شخصیت‌های اصلی داستان شده است و…

خلاصه داستان : دکتر «هنری ایندیانا جونز» باستان شناس معروف، پس از سال ها، برای برملا کردن رازی که در پس یک شی باستانی معروف به جمجمه بلورین است، دوباره وارد عمل می شود.

یک کهنه سرباز ویتنام که پس از نجات مردی از دست مهاجمان در اتوبوس شهری تبدیل به یک قهرمان محلی می شود، تصمیم می گیرد وقتی بهترین دوستش به قتل می رسد و پلیس علاقه چندانی به حل این جنایت نشان نمی دهد، دست به اقدام بزند.