پاندای کونگ فو کار که در قسمت قبل بعد از سپری کردن تمرین های سخت و طاقت فرسا بالاخره توانست خود را به عنوان جنگجوی اژدها ثابت کند، در این قسمت تصمیم گرفته تا به دنبال هویت خود بگردد. در گیر و دار جستجوهای «پو» برای یافتن والدین واقعی اش، یک طاووس خونسرد و البته بی رحم به نام ارباب «شین» هوس کرده تا کل جهان را به تصرف خود درآورد و بساط کونگ فو را به صورت کامل از زمین ریشه کن کند...

داستان انیمیشن از این قرار است که حیات وحش آفریقا دل آلکس شیر، مارتی گورخر، ملمن زرافه و گلوریا اسب آبی را زده و آن‌ها راه بازگشت به خانه، باغ وحش نیورک را در پیش می‌گیرند ولی اول باید از اروپا بگذرند، جایی که پلیس آنها را عنصر نامطلوب تلقی می‌کند و برای رسیدن به خانه باید از مونته کارلو، رم و لندن عبور کنند. در طول راه آن ها از حیوان فرانسوی مسئول بازرسی به نام کاپیتان دوبوا (فرانسیس مک دورماند) برای خود دشمن می سازند. او کسی است که به کمتر از نصب سر یک شیر روی دیوار خانه اش راضی نمی شود. آن ها به سیرک ملحق می شوند و در آن جا با استفانوی فوک (مارتین شورت)، جیا پلنگ خالدار (جسیکا چاستین) و ویتالی ببر (برایان کرانستون) آشنا و دچار مشکلاتی با آن ها می شوند اما در آخر می فهمند که برای جلب توجه مردی که آن ها را از آتلانتیک عبور می دهد باید با یکدیگر همکاری کنند…

داستان پویانمحایی در ادامه شماره قبلی آن رخ می‌دهد. حیواناتی که از باغ‌وحش بیرون آمده بودند حالا در تلاش برای بازگشت دوباره به نیویورک هستند، اما به طور اتفاقی سر از آفریقا در می‌آورند. جایی که الکس (به انگلیسی: Alex) با خانواده خود ملاقات می‌کند و این شروع اتفاقات جالبی است که برای آن‌ها در ادامه داستان رخ می‌دهد…

در طی سفری به لس آنجلس، جسیکا اولسون با ستاره پاپ کریستوفر وایلد ملاقات می کند و هر دو نسبت به یکدیگر احساس می کنند. با این حال، در طول یک مصاحبه زمانی که او ملاقات با او را انکار می‌کند، اوضاع خراب می‌شود.