ماکوتو کونو دختر 17 ساله دبیرستانی که با خانواده اش در توکیو زندگی می کند پیغامی را بر روی تخته سیاه دبیرستان خود می خواند و بدون اطلاع با شی عجیبی شبیه به گردو برخورد می کند. اما به زودی متوجه می شود که او توانایی سفر در زمان را دارد...

کنجی کویسو، دانش آموز کلاس یازدهم و نابغه ریاضی، قبول می کند تا در تابستان کمک دست دختر هم مدرسه ایش ناتسوکی باشد. کنجی متوجه می شود که خانواده ناتسوکی قصد دارند جشن تولد 90 سالگی بزرگ خانواده را جشن بگیرند و کنجی باید نقش نامزد ناتسوکی را بازی کند و...

در شهر میامی، یویا دانش‌آموز دوئلیست، توانایی احضار پاندولوم را باز می‌کند که به او اجازه می‌دهد همزمان چندین هیولا را احضار کند، در حالی که با قهرمان دوئل اکشن روبرو است. این توانایی جدید امکان تعامل با هیولاهای دوئل در میدان‌های واقعی را فراهم می‌کند.